Bisakah Tes RT-PCR Deteksi Varian Omicron?

REPUBLIKA.CO.ID, JAKARTA -- Varian omicron dari SARS-CoV-2 telah dianggap sebagai ancaman besar saat ini. Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) telah memberi label risiko global "sangat tinggi" untuk varian baru yang muncul dari Afrika tersebut.

Data awal telah menunjukkan bahwa omicron dapat memiliki transmisibilitas yang lebih tinggi. Selain itu, varian omicron mempunyai kemampuan lebih besar untuk menurunkan respons imun yang dihasilkan baik melalui infeksi sebelumnya maupun vaksinasi.

Deteksi tepat waktu dari varian omicron adalah kunci untuk menahan penyebarannya. WHO menyatakan varian ini dapat dideteksi oleh beberapa tes diagnostik RT-PCR yang digunakan di seluruh dunia.

Hal ini tidak seperti varian lain yang keberadaannya hanya dapat ditentukan setelah sekuensing genetik. Tetapi, seperti yang dikatakan para ilmuwan di India, sebagian besar tes RT-PCR mungkin tidak dapat membedakan antara Omicron dan varian lainnya.

Tes RT-PCR hanya dapat memastikan apakah orang tersebut terinfeksi atau tidak. Tes tidak dirancang untuk menentukan varian tertentu yang telah menginfeksi orang tersebut. Untuk itu, perlu dilakukan studi sekuensing genom.

Tidak semua sampel yang terinfeksi dikirim ke laboratorium untuk pengurutan genom, karena prosesnya lambat, rumit, dan mahal. Biasanya, hanya sebagian kecil dari semua sampel positif, yakni sekitar dua hingga lima persen yang dikirim untuk analisis gen.

Tes RT-PCR mencari keberadaan beberapa pengidentifikasi spesifik dalam materi genetik, bukan seluruh urutan gen virus dalam tubuh manusia. Biasanya, dua atau lebih pengidentifikasi dicari untuk meningkatkan kemungkinan menemukan kecocokan. 

Ada kemungkinan tes RT-PCR tidak akan mengenali mutasi sehingga  memberikan hasil negatif. Meski begitu, tes RT-PCR mencari lebih dari satu pengenal.

Jadi, jika tes menemukan pengidentifikasi di wilayah lain (yang berarti orang tersebut memiliki infeksi virus corona) tetapi tidak menemukan pengidentifikasi dalam protein lonjakan, maka itu bisa menjadi indikasi bahwa infeksi adalah akibat varian omicron. Masalahnya, omicron bukan satu-satunya varian yang mengalami mutasi pada spike protein.

Beberapa lainnya, terutama varian alpha, juga memiliki mutasi di wilayah ini. Karenanya dapat menunjukkan perilaku serupa dalam tes RT-PCR.

Hasil tersebut dapat dilihat sebagai mekanisme penyaringan untuk varian omicron, terutama karena prevalensi varian alpha pada populasi India telah turun secara signifikan. Skrining semacam itu pada tahap uji diagnostik dapat menjadi vital dalam mengidentifikasi dan mengisolasi infeksi potensial dengan varian omicron.

Pengurutan genom untuk kepastian

Menurut Anurag Agarwal, direktur Institute of Genomics and Integrative Biology (IGIB) yang berbasis di Delhi, keberadaan omicron masih perlu dikonfirmasi melalui pengurutan genom (genom sequencing). WHO mengatakan, salah satu kit RT-PCR yang dikembangkan oleh Thermo Fisher Scientific dapat mendeteksi keberadaan varian omicron.

Beberapa kit yang digunakan di India juga berpotensi mendeteksi varian tersebut. Vinod Scaria, seorang ilmuwan di IGIB, mengatakan bahwa kemampuan kit untuk mendeteksi varian bergantung pada primer atau bahan kimia pengidentifikasi yang digunakan.

"Sayangnya, detail primer untuk sebagian besar kit yang digunakan di India tidak tersedia untuk umum, jadi belum bisa dipastikan apakah kit tertentu yang digunakan bisa mendeteksi varian ini atau tidak," kata Scaria.

Jika tes diagnostik tidak menunjukkan indikasi apa pun, deteksi omicron atau varian lainnya, harus menunggu hasil pengurutan genom. Proses ini memakan waktu antara 24 dan 96 jam, tergantung pada teknologi yang digunakan. 

RR Gangakhedkar, mantan kepala epidemiologi di ICMR, mengatakan, strategi cerdas perlu dilakukan karena tidak mungkin mengirim semua sampel untuk pengurutan genom. Dia mengatakan bahwa di India, varian delta masih yang paling umum dan laboratorium uji diagnostik harus mencari pengidentifikasi yang hilang di wilayah protein lonjakan.

"Perlu segera menandainya untuk pengurutan genom," kata dia, dikutip The Indian Express, Selasa (30/11).