Peneliti Temukan Gen yang Gandakan Risiko Kematian Covid-19

REPUBLIKA.CO.ID, 

Oleh: Umi Nur Fadhillah

Para peneliti mengidentifikasi versi gen yang dideteksi bisa menggandakan risiko seseorang terkena Covid-19 parah, dan menggandakan risiko kematian akibat penyakit pada orang di bawah 60 tahun. Gen yang bernama LZTFL1 disebutkan terlibat dalam pengaturan sel paru-paru sebagai respons terhadap infeksi. 

Ketika versi gen yang berisiko hadir, sel-sel yang melapisi paru-paru tampaknya tidak berbuat banyak untuk melindungi diri dari infeksi virus corona SARS-CoV-2. Diketahui, versi gen yang meningkatkan risiko Covid-19 terdapat pada 60 persen orang keturunan Asia Selatan, 15 persen orang keturunan Eropa, 2,4 persen orang keturunan Afrika, dan 1,8 persen orang keturunan Asia Timur. 

"Ini adalah salah satu sinyal genetik yang lebih umum, jadi sejauh ini merupakan temuan genetik paling penting dalam Covid,” kata seorang Profesor Genomik di University of Oxford dan salah satu pemimpin penelitian baru, James Davies dilansir Science Alert, Selasa (16/11).

Davies mengatakan, tidak ada satu gen pun yang dapat menjelaskan setiap aspek risiko seseorang dari penyakit seperti Covid-19 karena banyak faktor yang berperan. Faktor ini termasuk usia, kondisi kesehatan lain, dan status sosial ekonomi yang dapat memengaruhi seberapa banyak paparan virus yang dihadapi seseorang, serta kualitas perawatan kesehatan yang diterima ketika sakit

India, misalnya, rumah sakitnya kewalahan selama gelombang Delta. Belum lagi, India memiliki prevalensi diabetes tipe-2 dan penyakit jantung yang tinggi, yang memainkan peran besar dalam tingkat kematian penduduknya. Namun, versi LZTFL1 yang berisiko tampaknya memiliki dampak yang menonjol

Para peneliti diketahui pertama kali menemukan gen ini dengan menggunakan studi asosiasi genome-wide (GWAS). Para peneliti membandingkan genom dari sekelompok pasien yang memiliki Covid-19 parah atau yang didefinisikan sebagai mereka yang mengalami gagal pernapasan, dengan genom dari kelompok kontrol peserta yang tidak memiliki bukti infeksi atau riwayat infeksi dengan gejala ringan.

Studi ini mengungkapkan serangkaian gen yang lebih umum pada pasien yang terkena dampak parah daripada kelompok kontrol. Seorang profesor regulasi gen di University of Oxford yang ikut memimpin penelitian, Jim Hughes mengatakan, tidak mudah mencari tahu jenis gen yang benar-benar memberikan peningkatan risiko

Variasi gen sering diwariskan sebagai blok sehingga sulit untuk menguraikan variasi tertentu yang bertanggung jawab atas suatu hasil. Sementara, urutan genetik hadir di setiap sel dalam tubuh yang hanya mempengaruhi beberapa jenis sel

Akhirnya, urutan genetik yang coba dipahami oleh para peneliti bukanlah gen sederhana dan langsung yang menyediakan cetak biru untuk protein. Sebaliknya, mereka disebut daerah penambah, yakni urutan noncoding yang mengatur bagaimana gen lain diekspresikan. Penambah menghidupkan dan mematikan gen target, dan naik dan turun pada waktu yang berbeda di jaringan yang berbeda.

Urutan penambah sangat kompleks. Bayangkan DNA semua mengepal, seperti benang kusut, di dalam inti sel, Enhancer hanya harus bersentuhan dengan gen yang mereka kendalikan dalam bola campur aduk. Itu artinya, jika Anda meregangkan DNA, saklar gen dan targetnya mungkin satu juta pasangan basa DNA jauh dari satu sama lain.

Baca juga : Pemerintah Siapkan Obat untuk Antisipasi Lonjakan Covid

Untuk mengungkap masalah, para peneliti beralih ke pembelajaran mesin, yang dapat membuat prediksi tentang fungsi penambah dan jenis sel yang berfungsi berdasarkan urutan DNA. Pendekatan kecerdasan buatan ini mengungkap satu penambah tertentu.

Langkah selanjutnya adalah mencari tahu jenis gen yang dikendalikan oleh enhancer. Para peneliti menggunakan teknik yang disebut Micro Capture-C, yang memungkinkan pemetaan yang sangat rinci dari jalinan DNA di dalam inti sel. Mereka menemukan penambah hanya menghubungi satu gen, yakni LZTFL1.

LZTFL1 belum pernah dipelajari dengan baik, tetapi penelitian sebelumnya telah mengungkapkan sedikit tentang protein yang dikodekannya, yang terlibat dalam serangkaian sinyal dan komunikasi kompleks seputar penyembuhan luka. Dalam konteks infeksi dan peradangan, kadar LZTFL1 yang rendah mendorong transisi sel paru-paru khusus tertentu menjadi keadaan yang kurang terspesialisasi. Level LZTFL1 yang lebih tinggi memperlambat transisi ini.

Transisi tentu terjadi pada pasien Covid-19 yang parah. Tim peneliti memeriksa biopsi paru-paru dari orang yang telah meninggal karena Covid dan menemukan paru-paru mereka dilapisi dengan area yang luas dari sel-sel terdespesialisasi ini. Namun, berlawanan dengan intuisi, prosesnya mungkin merupakan upaya paru-paru untuk melindungi diri mereka sendiri.

Sel paru-paru yang terdespesialisasi memiliki lebih sedikit reseptor ACE2, kenop pintu yang digunakan SARS-CoV-2 untuk memasuki sel. Ada kemungkinan bahwa sel-sel yang terdespesialisasi lebih terlindungi dari pembajakan oleh virus.

Itu berarti bahwa orang dengan lebih banyak ekspresi LZTFL1, retret pelindung ini diperlambat, memungkinkan virus merusak paru-paru lebih efektif sebelum sel-sel dapat melindungi diri mereka sendiri dalam bentuk baru. Namun, penelitian lebih lanjut tentang kerusakan paru-paru Covid-19 diperlukan untuk membuktikan hal ini. Penemuan pentingnya LZTFL1 dilaporkan di jurnal Nature Genetics pada 4 November, dan dapat mengarah pada penelitian baru tentang perawatan Covid-19.

Baca juga : Infografis Ragam Vaksin Covid-19 di Dunia

Membawa versi gen yang berisiko bukanlah hukuman mati. Gen lain atau faktor non-genetik dapat menurunkan risiko seseorang terkena penyakit parah, bahkan dengan adanya urutan yang berisiko. Karena gen tersebut tidak terlibat dalam sistem kekebalan, maka orang yang membawa versi gen berisiko tinggi cenderung sama responsifnya terhadap vaksinasi Covid-19 seperti orang lain.

"Kami berpikir bahwa vaksinasi akan sepenuhnya menghilangkan efek ini," ujar Davies.