Jika yang melakukan pelanggaran adalah pihak sekolah (kepala sekolah, pendidik atau tenaga kependidikan), maka yang berhak menjatuhkan sanksi adalah pemerintah daerah. Ketika yang melakukan pelanggaran adalah pemerintah kabupaten/kota, maka yang akan memberikan sanksi adalah gubenur.
Jika pelaku pelanggaran adalah Gubenur, maka yang berhak memberikan sanksi adalah Kementerian Dalam Negeri. Tindak lanjut atas pelanggaran SKB tiga Menteri akan diterapkan sesuai dengan mekanisme yang berlaku.
Sedangkan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan (Kemendikbud) dalam ketentuan SKB 3 Menteri juga dapat memberikan sanksi kepada sekolah terkait pemberian dana Bantuan Operasional Sekolah (BOS) dan bantuan pemerintah lainnya. Retno mengatakan, hal ini memang kewenangan Kemendikbud untuk mengevaluasi sekolah penerima bantuan.
"Meskipun ada plus minusnya. Misalnya, peserta didik yang bersekolah di tempat tersebut menjadi terdampak dalam pelayanan proses pembelajaran di sekolah yang berkualitas dan berkeadilan karena adanya penghentian bantuan pendanaan," kata dia lagi.