Ketika Belanda menyerang Banten, Syaikh Yusuf membawa pengikutnya untuk melakukan perlawanan gerliya melawan kompeni. Sayangnya setelah melakukan perlawanan selama dua tahun ia tertangkap dan dibuang ke Sri Langka.
Di Arab, Syaikh Yusuf belajar dengan seorang ulama besar Madinah Syaikh Ibrahim al-Kurani. Dengan Syaikh Ibrahim ia belajar kitab falsafah, kalam dan tasawwuf yang sangat sulit seperti Al-Durrah Al-Fakhirah yang ditulis 'Abd al-Rahman Jami.
Murid Indonesia Syaikh Ibrahim al-Kurani tidak hanya Syaikh Yusuf. Seorang Aceh Abd al-Ra'uf Singkel juga belajar dari Syaikh Ibrahim.
Sama seperti Syaikh Yusuf sekembalinya dari Makkah dan Madinah Abd Ra'uf juga mendapatkan kedudukan tinggi di Kesultanan tempat ia berasal. Di Indonesia Abd Ra'uf dikenal sebagai pembawa tarekat Syattariyah dan penerjemah Tafsif Jalalain ke bahasa Melayu.
Syaikh Ibrahim al-Kurani memang seorang ulama paling besar di zamannya. Untuk murid-muridnya yang berasal dari Indonesia ia menulis komentarnya tentang wahdat al-wujud. Komentarnya ini menjadi teks yang sangat populer di Indonesia dengan judul Tuhfah Al-Mursalah.